Οι κυριότεροι ποταμοί της Πελοποννήσου είναι οι εξής: Ο Αλφειός που είναι το μεγαλύτερο ποτάμι της Πελοποννήσου.

Πηγάζει από τα οροπέδια Ασέας και Μεγαλόπολης, δέχεται νερά από παραποτάμους και χύνεται στον κόλπο της Κυπαρισσίας. Ο Γλαύκος, που πηγάζει από τον Παναχαϊκό και χύνεται Ν. της Πάτρας. Ο Πηνειός της Ηλείας, ο οποίος πηγάζει από τα όρη Ερύμανθος και Λάμπεια και χύνεται στον κόλπο της Κυλλήνης. Η Νέδα, το μοναδικό ποτάμι στην Ελλάδα με θηλυκό όνομα, χύνεται στον κόλπο της Κυπαρισσίας. Πηγάζει από τα βουνά Μίνθη, Λύκαιο και Τετράζιο. Ο Νέδων που πηγάζει από τον Ταΰγετο και χύνεται στον Μεσσηνιακό κόλπο. Ο Βελίκας που πηγάζει από τα βουνά της Κυπαρισσίας και χύνεται στον Μεσσηνιακό κόλπο. Ο Ευρώτας που πηγάζει από το οροπέδιο της Μεγαλόπολης, δέχεται και τα νερά του Ταΰγετου και Πάρνωνα και χύνεται στο Λακωνικό κόλπο. Οι ποταμοί Τάνος, Κεφαλάρι και Ίναχος που πηγάζει από τα βουνά Λύρκειο και Τραχύ και χύνεται στον Αργολικό κόλπο.

Εκτός των ποταμών υπάρχουν και αρκετοί χείμαρροι, όπως ο Σύθος, ο Δερβένιος, ο Κρειός, ο Βουραϊκός, ο Κερυνίτης, ο Ασωπός, ο Σελινούντας, ο Γκούρας, ο Φοίνικας. Από τους χειμάρρους ο Ασωπός και ο Σελινούντας θεωρούνται ποταμοί Αξιόλογες λίμνες δεν υπάρχουν στην Πελοπόννησο. Υπάρχουσες σήμερα λίμνες είναι η Τάκα, η Στυμφαλία, και η τεχνητή του Λάδωνα, που δημιουργήθηκε με την κατασκευή των υδροηλεκτρικών έργων.

Στις ακτές της Ηλείας κυρίως υπάρχουν αρκετές λιμνοθάλασσες και γενικά στην περιοχή αυτή τα νερά της θάλασσας είναι πολύ ρηχά. Οι κυριότερες λιμνοθάλασσες της Πελοποννήσου είναι της Αγουλινίτσας, της Μουριάς, του Καϊάφα, και στο Κοτύχι Στο εσωτερικό της Πελοποννήσου, τα ορεινά συγκροτήματα σχηματίζουν δύο μεγάλα λεκανοπέδια, της Τρίπολης και της Μεγαλόπολης.